Eine wesentlicher Bestandteil bei der Einführung eines dokumentierten Hygienemanagements ist der Bereich Betriebshygiene, dieser umfasst alle notwendigen Maßnahmen zur Erhaltung der Sauberkeit auf Grundlage rechtlicher Anforderungen von Arbeitsräumen und Arbeitsgeräten.

Die Einhaltung der Betriebshygiene obliegt der betrieblichen Eigenkontrolle, gleichzeitig sind die rechtlichen Anforderungen einzuhalten, welche auch in regelmäßigen Abständen durch die Behörden kontrolliert werden können. Ein Verstoß der Hygienevorschriften kann bisweilen bis zur vollständigen Schließung der Betriebsstätte führen.